1) А как вы собираетесь контролировать продажи? Что пришло в "дом", а что в карман менеджеру? Думаю стоит начать с этого.
2) О какой рекламе идет речь? банально продавать директ и размещать рекламные статьи можно и без менеджера.

А лист excel со списком занятых/свободных рекламных мест и поступивших Вам денег не подойдёт?

У меня, например, агент получает 10% от всех платежей, совершаемых его клиентами и ведет с ними всю бумажную работу (договоры, доп.соглашения к ним, счета, счета-фактуры, акты выполненных работ). Стратегически важные продажи (например, привлечение известного клиента, за которым тянутся его мелкие и неуверенные в себе конкуренты) премируются единовременной выплатой, которая доходит до 70% от стоимости размещения этого клиента в первый месяц (объём премии в каждом случае индивидуальный).

Чтобы оклад не выбрасывать на ветер, агенту выдается минимальный план (звонков, визитов и встреч, распространенных рекламных материалов, собранной/отправленной информации и т.п.) работы на месяц. Таким образом, даже если он будет продавать плохо, его оклад будет не особенно тяжкой статьей расходов, потому что агент как минимум полезен.

Если он плохо продает один месяц, то это нормально - просто подождать, так как многие клиенты любят тянуть время разными согласованиями материалов внутри своей компании. Обычно , бумажный спам клиентов и холодные звонки дают свой эффект, чтобы даже самый плохой агент окупился. Но если всё совсем плохо - выгнать его и все дела (но до этого желательно посмотреть как он работает с клиентами, чтобы знать как делать не надо).

Смотря за что скидки... Вам нужны четкие правила, тогда он просто не сможет ничего себе забрать. Не будет же агент сам проплачивать рекламу клиента на полгода вперед, чтобы получить его скидку...