Действительно есть некоторые вещи, способные негативно отразиться на ранжировании сайта в поисковых системах (ПС). Все они так или иначе связаны с оптимизацией, которая бывает как внутренней, так и внешней.

Часто говорят про злоупотребление ключевыми словами на сайте. Однако, перейти эту границу неискушенному владельцу сайта сложно. Посмотрите первый результат по запросу "кондиционеры daikin" -- http://hghltd.yandex.net/yandbtm?url=http%3A%2F%2F... Это не считается чрезмерным. Напротив, без такой концентрации ключевых слов продвинуть по высококонкурентному запросу внутреннюю страницу было бы очень тяжело.

Еще одна кривая дорожка -- поставить на сайт "линкатор". Это программа, которая автоматизирует обмен ссылками между сайтами. Относительно быстро можно наменять пару сотен ссылок, но не зная нюансов, можно получить штрафные санкции ПС.

Если скормить ПС результаты работы внутреннего поиска сайта, также будут неприятности.

Если проспамить сайт по форумам в промышленных масштабах, тоже будут проблемы.

В общем, возможностей много, но в основном они требует целенаправленных усилий. А обычные владельцы сайтов об этих возможностях знают мало, и усилий не прилагают. Поэтому шансов столкнуться с последствиями чрезмерной оптимизации у них мало.

Думаю, чаще всего проблемы возникают у начинающих оптимизаторов, действующих неосторожно.

Насколько мне известно, понижают еще как. Некоторые даже с конкурентами так борются.

Это может быть причиной. Другие факторы варианты -- отсутствие конкуренции и большое количество внешних ссылок на ваши страницы.

Если продвигаете сайт с помощью бирж ссылок, то скачкообразный их прирост может привести к выпадению страниц из индекса.