Можно исходить из ежемесячной чистой прибыли, генерируемой сайтом, и срока окупаемости. Для нормального сайта он может быть несколько лет.

А вообще в зависимости от ситуации может быть много специфических параметров:
- красивый домен
- лидерство сайта в нише
- репутация
- ценность контента
- размер сообщества
- динамика роста
- уникальные технологии, ноу-хау
- размер необходимых вложений в сайт (зависит от того, можно ли на текущем движке сайт развивать, есть ли у сайта нормальная админка)

Иногда покупатель сможет использовать сайт эффективнее, чем текущий владелец (благодаря каким-то связям, наличию офлайнового бизнеса). Это тоже можно учесть.

Сейчас часто говорят, что важна команда людей, работающих на сайте. Кто из них останется после продажи, насколько критично их участие.

В продолжении темы:
Вчера приезжаю к клиенту, а он мне сходу -"почему наш сайт стоит 122000р., а сайт конкурентов 400000р.?"
Я просто в осадок выпал... Поинтересовался как он оценил стоимость сайтов и по какой методике? Тот мне, выдает, что есть чудо сервис в интернетах который меряет по косвенным признакам примерную стоимость сайтов.
Вот это чудо сервис.
Выкрутился вообще чудесно. Т.к. на такие абсолютно дурацкие вопросы у меня ответов как правило нет, пришлось обратиться к реальной статистике и сравнивать объем и направленность посетителя. Получается, что сайт конкурента и сделан херово, и продвигается через Ж. Клиент успокоился... надеюсь.

В оценке сайтов своё значение имеет столько разных факторов, что никакой автоматической системой оценки их реальную стоимость не измеришь.