Насколько я понимаю, продать сайт по договору купли-продажи нельзя, потому что это результат интеллектуальной деятельности. Можно передать права на эти результаты.

Нашел презентацию от юристов, там с 9-ого слайда можно посмотреть. Это видимо идеальный вариант, когда права на сайт подтверждаются документально, и для сторон важно зафиксировать их передачу как можно полнее. В то же время довольно хлопотный, потому что права можно много на что регистрировать.

Из всего комплекса довольно просто передать домен. Как-то специально подтверждать право на него не нужно, и вообще процедура отработана у регистраторов. Думаю от этого можно оттолкнуться, а уж как и насколько оформить остальное, есть разные варианты.

Налог видимо на доходы физических лиц, если сайт продает физическое лицо.

* * *

Если сайт продает ИП или юридическое лицо, то наверное можно даже оформить по договору оказания услуги (разработка сайта). Сложно представить, что кто-то это будет проверять.