Какой ссылкой? На лавйинтеренете ссылка яваскриптом генерируется, на Яндекс.Метрике и Гугль Аналитикс никакой сылки вообще нет, просто яваскрипт подгружается.
Кроме информации о количестве заходов дает очень важную инфомацию о том откуда эти люди пришли и поисковые фразы по которым они пришли. Ну и еще много всякой полезной инфы. Так что ставьте счетчик стороннего сервиса, ну а если непонравится, его ведь всегда убрать можно.

На 100% не уверен, но скорее всего нет. В конце концов ссылку всега можно взять в ноуиндекс и ноуфоллоу

Ставьте что-нибудь одно, незачем лишними скриптами страницу нагружать. А какой лучше - не знаю, так как с Гуглем я на практике не сталкивался, но говорят что он более навороченый.

Все что могут показать внешние, скорее всего могут показать и внутренние, но как вы думаете, кто сможет сделать систему статистики лучше, работники гугля и яндекса, или разработчики джумлы? :)

Мне нравится Яндекс.Метрика, очень-очень.
Все красиво, наглядно, не глючит... В общем, я фанат Яндекса :) Мое мнение - если они не знают, как что-либо сделать "лучше всех", они не делают этого вообще.

Хотя Google Analytics не пробовала.

Интересные данные, недоступные счетчикам, даёт использование вот этих инструментов:
http://webmaster.yandex.ru/
https://www.google.com/webmasters/tools/
Но заменой счетчикам они не являются.

Я пользуюсь яндекс метрикой. Очень удобно считает. Но это как бы отдельный сервис он не виден на сайте. А вот счетчики типа mail и liveinternet в основном считают мои посещения, но это же не объективно. так как тоже сайт все время пополняю и дорабатываю. становится не ясно какой же счетчик выбрать чтобы тут же на сайте считал уникальных посетителей и отображал их, а не мои выходы. вот в чем вопрос.