Я так понимаю речь про виртуальный хостинг, если так, то особых вариантов нет. Как правило у хостеров осуществляется проход антивирусом по их серверу, только происходит это довольно изредка(с целью экономии ресурсов видимо), скорее о вирусах вам сообщат те же гугл с яшей. Самому можно заморочиться со скачиванием файлов на компьютер и проверять их периодически. Есть так же специальные хостинги(http://hosting.nic.ru/konf_info.shtml) с возможностью планового запуска антивируса и проверки из панели управления. Про онлайн сервисы проверки смысла говорить нет наверное, там оперативно не получится весь сайт.