Насколько я вижу, топ yandex.ua заполнен сайтами в зоне .ua, топ yandex.ru - сайтами в зоне .ru. Это, конечно, не строго, но очевидно бонус за принадлежность сайта к стране существенный. И похоже сайту получить бонус одновременно в обеих странах сложно или вообще нельзя.

Предполагаю, что если просто сделать редирект с com.ua на com, то сайт будет и дальше считаться украинским. Отвязать таким образом сайт от Украины реально: если сайт в зоне .com, то у гугла есть специальная опция в панели веб-мастера. Но от этого может быть больше вреда, чем пользы.